Hey, I tried to rebuild the ISO and these are the differences in the LBA Table:
Original
Code:
00135245 , >:\ICON\WINBACK.ICO
00000190 , >:\MODULES\IOPRP202.IMG
00000032 , >:\MODULES\KESSOUND.IRX
00000044 , >:\MODULES\KOEIADS.IRX
00000061 , >:\MODULES\LIBSD.IRX
00000074 , >:\MODULES\MCMAN.IRX
00000115 , >:\MODULES\MCSERV.IRX
00000162 , >:\MODULES\MODHSYN.IRX
00000119 , >:\MODULES\MODMIDI.IRX
00000181 , >:\MODULES\MODMONO.IRX
00000129 , >:\MODULES\MODMSIN.IRX
00000184 , >:\MODULES\MTAPMAN.IRX
00000131 , >:\MODULES\PADMAN.IRX
00000153 , >:\MODULES\SDRDRV.IRX
00000158 , >:\MODULES\SIO2MAN.IRX
00137792 , >:\MOV\LOGO.PSS
00137790 , >:\MSG\MENU.ENG
00137788 , >:\MSG\MENU.JPN
00137765 , >:\MSG\MSG.ENG
00137743 , >:\MSG\MSG.JPN
00136312 , >:\SND\ESE.KBD
00137700 , >:\SND\ESE.KHD
00137735 , >:\SND\ESND.DAT
00207484 , >:\SND\EWB.KVG
00135301 , >:\SND\JSE.KBD
00137674 , >:\SND\JSE.KHD
00137727 , >:\SND\JSND.DAT
00191924 , >:\SND\JWB.KVG
00225004 , >:\SND\WB.ADX
00146218 , >:\TEX2D\COMMON.FTX
00146456 , >:\TEX2D\GAMEMSG.FTX
00146503 , >:\TEX2D\NAME_JP.FTX
00146635 , >:\TEX2D\NAME_US.FTX
00146422 , >:\TEX2D\START_JP.FTX
00146439 , >:\TEX2D\START_US.FTX
00146491 , >:\TEX2D\VERSMSG.FTX
00146767 , >:\TEX2D\VSCHARA.FTX
00146074 , >:\TEXBG\MCLEARBG.FTX
00145642 , >:\TEXBG\OMEGA.FTX
00145930 , >:\TEXBG\SYSTEMBG.FTX
00145786 , >:\TEXBG\TITLE.FTX
00178933 , >:\DATA\AREA3D.DAT
00148263 , >:\DATA\CMAP3D.DAT
00146842 , >:\DATA\COM3D.DAT
00147422 , >:\DATA\EFFECT.DAT
00145539 , >:\DATA\EVENT.PAK
00187013 , >:\DATA\EVMOT.WMP
00142307 , >:\DATA\MAP.PAK
00150028 , >:\DATA\MAP3D.DAT
00147512 , >:\DATA\MENU3D.DAT
00139305 , >:\DATA\MOTIONS.WMP
00142096 , >:\DATA\OPMOT.WMP
00142286 , >:\DATA\REC.PAK
00170357 , >:\DATA\ROB3D.DAT
00148179 , >:\DATA\VSM3D.DAT
00000031 , >:\SYSTEM.CNF
00000245 , >:\GAME.DAT
00254846 , >:\SLUS_201.60
00256523 , >:\SILENCE.DA
New
Code:
00135564 , >:\ICON\WINBACK.ICO
00000509 , >:\MODULES\IOPRP202.IMG
00000351 , >:\MODULES\KESSOUND.IRX
00000363 , >:\MODULES\KOEIADS.IRX
00000380 , >:\MODULES\LIBSD.IRX
00000393 , >:\MODULES\MCMAN.IRX
00000434 , >:\MODULES\MCSERV.IRX
00000481 , >:\MODULES\MODHSYN.IRX
00000438 , >:\MODULES\MODMIDI.IRX
00000500 , >:\MODULES\MODMONO.IRX
00000448 , >:\MODULES\MODMSIN.IRX
00000503 , >:\MODULES\MTAPMAN.IRX
00000450 , >:\MODULES\PADMAN.IRX
00000472 , >:\MODULES\SDRDRV.IRX
00000477 , >:\MODULES\SIO2MAN.IRX
00138111 , >:\MOV\LOGO.PSS
00138109 , >:\MSG\MENU.ENG
00138107 , >:\MSG\MENU.JPN
00138084 , >:\MSG\MSG.ENG
00138062 , >:\MSG\MSG.JPN
00136631 , >:\SND\ESE.KBD
00138019 , >:\SND\ESE.KHD
00138054 , >:\SND\ESND.DAT
00207803 , >:\SND\EWB.KVG
00135620 , >:\SND\JSE.KBD
00137993 , >:\SND\JSE.KHD
00138046 , >:\SND\JSND.DAT
00192243 , >:\SND\JWB.KVG
00225323 , >:\SND\WB.ADX
00146537 , >:\TEX2D\COMMON.FTX
00146775 , >:\TEX2D\GAMEMSG.FTX
00146822 , >:\TEX2D\NAME_JP.FTX
00146954 , >:\TEX2D\NAME_US.FTX
00146741 , >:\TEX2D\START_JP.FTX
00146758 , >:\TEX2D\START_US.FTX
00146810 , >:\TEX2D\VERSMSG.FTX
00147086 , >:\TEX2D\VSCHARA.FTX
00146393 , >:\TEXBG\MCLEARBG.FTX
00145961 , >:\TEXBG\OMEGA.FTX
00146249 , >:\TEXBG\SYSTEMBG.FTX
00146105 , >:\TEXBG\TITLE.FTX
00179252 , >:\DATA\AREA3D.DAT
00148582 , >:\DATA\CMAP3D.DAT
00147161 , >:\DATA\COM3D.DAT
00147741 , >:\DATA\EFFECT.DAT
00145858 , >:\DATA\EVENT.PAK
00187332 , >:\DATA\EVMOT.WMP
00142626 , >:\DATA\MAP.PAK
00150347 , >:\DATA\MAP3D.DAT
00147831 , >:\DATA\MENU3D.DAT
00139624 , >:\DATA\MOTIONS.WMP
00142415 , >:\DATA\OPMOT.WMP
00142605 , >:\DATA\REC.PAK
00170676 , >:\DATA\ROB3D.DAT
00148498 , >:\DATA\VSM3D.DAT
00000350 , >:\SYSTEM.CNF
00000564 , >:\GAME.DAT
00255165 , >:\SLUS_201.60
00256842 , >:\SILENCE.DA
00275133 , >:\Z.BIN
Going to try to crack the LBA Table code to make my file insertion work. 
Of course, ffgriever would probably have known what to do right off the bat.